Shvsmizmailovo.ru

Анапестический ресурс

ДОТ-тест
Перейти к: навигация, поиск

ДОТ-тест (Диагностика основных трисомий) — первая[1] высокоэффективная безопасная пренатальная диагностика. Современное неинвазивное генетическое тестирование, целью которого является точное определение хромосомных аномалий у плода беременной женщины на ранних сроках гестации.

Определяемые хромосомные патологии:


Дот-тест не имеет противопоказаний и осуществляется благодаря передовым технологиям на раннем сроке беременности — с 10 недели.


Способ проведения

В крови беременной женщины присутствует свободноциркулирующее ДНК плода и составляет 5-10 % всей ДНК матери. Поэтому для данного генетического исследования достаточно традиционного проведения забора крови из вены беременной. Анализ сдается натощак с 10 недели беременности[2]. Кровь помещается в герметичную пробирку и передается в генетическую лабораторию, где подготавливают материал и помещают в новейшее революционное оборудование (NGS[3]). Подробнее о методике определения хромосомных аномалий читайте в разделе «Метод исследования».

Факторы риска

Прямыми показаниями к проведению ДОТ-теста являются факторы генетического риска[4]:

  • возраст беременной более 35 лет;
  • носительство одним из супругов хромосомной перестройки;
  • наличие семейных случаев рождения ребёнка с хромосомной аномалией или прерывание беременности по медицинским показателям в связи с пренатально обнаруженной хромосомной аномалией
  • данные биохимического скрининга.

Однако практика пренатальной диагностики, выполняемая по общепринятым показаниям (старший возраст женщин, отягощенный генетический анамнез и т. д.), продемонстрировала, что большинство детей с синдромом Дауна рождаются молодыми матерями[5], то есть болезнь возникает спорадически в семьях без отягощенного анамнеза.

Важно исключить (подтвердить) патологии плода на раннем сроке гестации, чтобы семья могла принять взвешенное решение о продолжении беременности до наступления периода жизнеспособного плода. Ранее в медицине не было такой возможности. В большинстве стран точное заключение производится через 22 недели после проведения инвазивной диагностики. При этом методы амниоцентеза, кордоцентеза или биопсии ворсин хориона не являются абсолютно безопасными и в ряде случаев приводят к прерыванию беременности. ДОТ-тест не несет рисков для здоровья беременной женщины и плода.

Метод исследования

Методика определения анеуплоидий основывается на цифровом количественном анализе ДНК, проводимом с помощью массового параллельного полногеномного секвенирования. В норме все хромосомы представлены одинаково. В случае трисомии наблюдается повышение представленности 21, 18, 13, X или Y хромосом. Соответственно, в случае уменьшения количества хромосом (45 ХО) представленность Y хромосомы падает. Количество получаемых данных на каждый исследуемый образец составляет около 5-10 млн чтений длиной 50 нуклеотидов. Из анализа исключаются чтения с низким качеством, а также попадающие на повторы и известные районы копийных полиморфизмов. Это необходимо для того, чтобы избежать возникновения местных аномальных скачков представленности. Оставшиеся чтения картируются на геном человека.

История

Пренатальная диагностика — относительно новый раздел медицинской генетики, возникший в 70-е гг. XX в. на стыке клинических и фундаментальных наук. Диагностику проводили в тех случаях, когда у пациентки было несколько факторов генетического риска. Таким образом не было достигнуто ожидаемого эффекта — глобальное снижение рождения детей с генетическими нарушениями. По данным Всемирной организации здравоохранения была определена высокая частота генетических заболеваний. При высокой частоте заболеваний очевидно, что их профилактика имеет не только медицинское, но и огромное социальное значение.

Со временем исследователи пересмотрели подходы к профилактики анеуплоидии и решили обосновать новые принципы, базирующиеся на безвыборочном обследовании всех беременных безопасным методом. Стали разрабатываться скрининговые подходы к профилактике хромосомных болезней, при которых с помощью неинвазивных скрининг-тестов среди беременных формируется группа высокого риска. При этом важно понимание того, что, как и другие методы скринингового обследования, иммуноферментный анализ сыворотки беременных — это не диагностический метод: результаты, полученные при его использовании, дают только величину риска.

В силу глобального развития генной инженерии за последние 10 лет стало возможным секвенировать участки ДНК плода, свободноциркулирующие в крови матери со второго месяца беременности. В 2013 году был разработан безошибочный[6] алгоритм вычисления хромосомных аномалий плода по крови матери. Так появилась альтернатива амниоцентезу, кордоцентезу и биопсии ворсин хориона: неинвазивный пренатальный ДОТ-тест.

Примечания

  1. Noninvasive prenatal diagnosis of fetal chromosomal aneuploidy by massively parallel genomic sequencing of DNA in maternal plasma / R. W. K. Chiu, K. C. A. Chan, Y. Gao et al., Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 105, no. 51, pp. 20458-20463, 2008
  2. Non-Invasive Prenatal Testing (NIPT) Factsheet
  3. Next generation sequencing
  4. Бочков Н. П., Гинтер Е. К., Пузырев В. П. / Наследственные болезни. Национальное руководство — стр. 798 — ISBN 978-5-9704-2469-8
  5. Кеннет Л. Джонс. / Наследственные синдромы по Дэвиду Смиту. Атлас-справочник. — ISBN 978-5-89816-086-9
  6. Clinical application of massively parallel sequencing-based prenatal noninvasive fetal trisomy test for trisomies 21 and 18 in 11,105 pregnancies with mixed risk factors / S. Dan, W. Wang, J. Ren, et al., Prenatal Diagnosis, vol. 32, no. 13, pp. 1225—1232, 2012

Литература

  • Наследственные болезни. Национальное руководство / Бочков Н. П., Гинтер Е. К., Пузырев В. П. Москва, Издательская группа «ГЭОТАР-Медиа» 2013 — ISBN 978-5-9704-2469-8
  • Наследственные синдромы по Дэвиду Смиту. Атлас-справочник. / Кеннет Л. Джонс. Перевод на русский язык и оформление. Издательский дом «Практика» 2011 — ISBN 978-5-89816-086-9
  • Noninvasive prenatal diagnosis of fetal chromosomal aneuploidy by massively parallel genomic sequencing of DNA in maternal plasma / R. W. K. Chiu, K. C. A. Chan, Y. Gao et al., Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 105, no. 51, pp. 20458-20463, 2008.
  • DNA sequencing of maternal plasma to detect Down syndrome: an international clinical validation study / G. E. Palomaki, E. M. Kloza, G. M. Lambert-Messerlian et al., Genetics in Medicine, vol. 13, no. 11, pp. 913—920, 2011
  • Noninvasive prenatal detection and selective analysis of cell-free DNA obtained from maternal blood: evaluation for trisomy 21 and trisomy 18 / A. B. Sparks, C. A. Struble, E. T. Wang, K. Song, and A. Oliphant, American Journal of Obstetrics & Gynecology, vol. 206, no. 4, pp. 319.e1-319.e9, 2012
  • Selective analysis of cell-free DNA in maternal blood for evaluation of fetal trisomy / A. B. Sparks, E. T. Wang, C. A. Struble et al., Prenatal Diagnosis, vol. 32, no. 1, pp. 3-9, 2012
  • Genome-wide fetal aneuploidy detection by maternal plasma DNA sequencing / D. W. Bianchi, L. D. Platt, J. D. Goldberg, A. Z. Abuhamad, A. J. Sehnert, and R. P. Rava, Obstetrics & Gynecology, vol. 119, no. 5, pp. 890—901, 2012
  • Noninvasive prenatal aneuploidy testing of chromosomes 13, 18, 21, X, and Y, using targeted sequencing of polymorphic loci / B. Zimmermann, M. Hill, G. Gemelos, et al., Prenatal Diagnosis, vol. 32, no. 13, pp. 1233—1241, 2012
  • Clinical application of massively parallel sequencing-based prenatal noninvasive fetal trisomy test for trisomies 21 and 18 in 11,105 pregnancies with mixed risk factors / S. Dan, W. Wang, J. Ren, et al., Prenatal Diagnosis, vol. 32, no. 13, pp. 1225—1232, 2012
  • Initial clinical laboratory experience in noninvasive prenatal testing for fetal aneuploidy from maternal plasma DNA samples / T. Futch, J. Spinosa, S. Bhatt, et al., Prenatal Diagnosis, vol. 33, no. 6, pp. 569—574, 2013

Ссылки

  • National Coalition for Health Professional Education in Genetics
  • National Genetics and Genomics Education Centre

ДОТ-тест.